Ich antworte mal von unterwegs aus: Bei meiner Scarlett 2i2 (erste Generation) ist das nicht vorgekommen.
Müsste ich zuhause noch mal testen. Allerdings habe ich die schon fast abgerüstet, weil ich sie durch eine Steinberg ersetzt habe. Aber die Treiber sind noch da, ich kann's später also probieren.
Dennoch kann ich spontan sagen: Nie Probleme gehabt. Kann ich so also erst mal nicht nachvollziehen.
Jetzt habe ich das also noch mal daheim mit meiner 2i2 getestet, solange ich sie noch habe.
Ergebnis wie erwartet: Solange da alles maximal grün leuchtet, gibt es keine Verzerrungen (mit angeschlossenen Mikrofonen).
Nachdem ich mir Deine Eingangsfrage noch mal durchgelesen habe, kommt mir etwas anderes in den Sinn:
* Könnte es sein, dass das in die Scarlett eingespeiste Signal von Hause aus schon verzerrt ist?
Hintergrund: Möglicherweise verzerrt der Phonoverstärker das Signal, liefert aber einen korrekten Pegel zur Scarlett, so dass dort alles grün leuchtet.
Die Scarlett kann ja nur die Stärke des Pegels, nicht aber seine Qualität messen und darstellen - und gibt das dann auch so weiter.
Hast Du die Möglichkeit, das ankommende Signal in der Scarlett per Kopfhörer im direct monitoring abzuhören?
Dann ließe sich eingrenzen, ob das Signal im Phono(vor)verstärker oder in der Scarlett vor die Hunde geht.
Leider verlassen wir hier gerade den Bereich von Audacity, aber vielleicht ist der Admin ja gnädig. 
