Hmm... hört sich nicht so gut an
Stammen die Projekte noch aus älteren Versionen?
Es gab in der Vergangenheit einige Probleme mit fehlenden Referenzen auf .AUP-Dateien, die (lies: von denen die meisten...) aber in 1.2.2 behoben sein sollten. Wenn die Projekte natürlich aus alten Versionen stammen, kann es natürlich sein, dass der Fehler schon mit einer alten Version in das Projekt "eingebaut" wurde.
Ansonsten: Kannst Du mir vielleicht die .AUP-Datei (nicht die Datendateien) schicken, die bei Dir Fehler hervorruft (nicht, dass ich was wiederherstellen könnte, aber so könnte man wenigstens versuchen, den Fehler zu erkennen)? Und welche Fehlermeldung kommt genau?